Portugis pernah bersekutu dengan Ternate dalam menghadapi Tidore. Sikap Portugis yang tadinya bersahabat dengan Ternate, berubah menjadi semena-mena” setelah kepergian Spanyol dari tanah Maluku. Salah satu contohnya adalah pengambilan hasil cengkih dari Makyan oleh Portugis yang seharusnya menjadi milik Ternate dan Tidore. Selain itu, Portugis lancang mendirikan Benteng di Ambon. Padahal, pendirian benteng ini sangat ditentang oleh Sultan Hairun karena dikhawatirkan akan menjadi tempat konsolidasi kekuatannya.
Peperangan pun meletUs dengan hebatnya hingga Portugis kewalahan dan mendorongnya untuk berunding. Ternyata hal ini hanya tipu daya belaka. Dalam perundingan tersebut, Sultan Hairun terbunuh pada tahun 1570 M di Benteng Gamalama.
Sultan Baabullah selaku putra Sultan Hairun menuntut pertanggungjawaban de Mesquita. Ketika itu, Sultan Baabullah berhasil mengerahkan daerah-daerah lainnya di Maluku (kecuali Tidore) untuk melawan Portugis. Baabullah mengepung Benteng Gamalama selama lima tahun (1570-1575) secara ketat sehingga tidak seorang Portugis pun dapat memasuki atau meninggalkannya. Pengepungan ini membuat penghuni benteng kekurangan makanan dan terserang berbagai penyakit. Ditambah kenyataan,_ bantuan Portugis di Malaka tidak pernah tiba karena sejak tahun 1580 Kerajaan Portugal telah disatukan dengan Spanyol yang memusatkan kekuasaan dan perdagangannya di Manila, Filipina. Pada tahun 1575, atas dasar kemanusiaan, Baabullah mengizinkan orang-orang Portugis yang
telah sangat lemah itu meninggalkan benteng tersebut. Baabullah lalu menjadikan benteng Portugis itu sebagai istananya.
Sejak pemerintahan Baabullah, Ternate menjadi pusat perdagangan yang paling ramai di Maluku. Hak monopoli Portugis dihapus dan Ternate dijadikan pelabuhan bebas. Para pedagang Cina, jawa, Melayu, dan lainnya, dengan bebas berdagang di Ternate. Baabullah berhasil menyatukan seluruh Maluku Utara di bawah pemerintahannya. Oleh karena itu, masa kekuasaan Baabullah dianggap sebagai masa keemasan Maluku Utara, disebabkan Maluku Utara sama sekali tidak berada di bawah kekuasaan Barat.